Apatch 原因が分かった。ホームディレクトリのディレクトリは最低限 701 でなければ www…/~user/ は読めないらしい。Slackware の時はデフォルトで 755 になってたってことだろう。ちなみに設定ファイルは CGI の部分以外は元に戻しても大丈夫だった。
次は CGI。Slackware の時も起動しなかったが,Turbo でも起動しない。しかしさっきの問題を解決するのに設定ファイルをきちんと勉強したので大丈夫。srm.conf に
AddHandler cgi-script .cgi
と書かれているので .pl ではデフォルトで実行されないのだろう。
AddHandler cgi-script .cgi .pl
として解決。